سومین سفر هدین به آسیا اولین سفر بزرگ وی محسوب می شود. در سال 1893 از روسیه به قصد شناخت نواحی شمالی تبت و هیمالیا راهی مشرق زمین شد. به منظور شناسایی آسیای مرکزی، فلات پامیر و قرقیزستان کنونی را پشت سر گذاشت. وی نواحی شمالی تبت را در نوردید و به عنوان نخستین کاشف غربی سعی بر صعود به قله 7500 متری مشتاق آتا (Mustagh Ata) نمود که بدلیل عدم وجود امکانات کافی موفق نشد.

در ادامه سفر به سمت شرق وارد صحرای تاکلاماکان شد و از این صحرای مخوف عبور کرده و به رود ختن رسید. در این سفر سخت فقط دو نفر همراه داشت. در نواحی شمالی تاکلاماکان اقدام به نقشه برداری از Lop Nor ، یا دریاچه سرگردان، نمود. وی دریافت که این دریاچه با طغیان و فروکش رودهایی که به آن می ریزند، جابجا می شود. وی در سال 1897 پس از عزیمت به پکن، ماحصل کشفیات خود را در قلب صحراهای چین به اطلاع منابع باستانشناسی آن کشور رسانید. سپس اقدام به تالیف دو کتاب پیرامون سفر خود نمود.

سفر سوم 1905 - 1908
هدین سفر سوم خود را در سال 1905 به منظور شناسایی صحراهای ناشناخته ایران و تبت از تهران به سمت هندوستان آغاز کرد. وی که مجذوب طبیعت صحراها شده بود، این سفر را تماما به منظور زمین شناسی و توپولوژی نواحی صحرایی ایران و تبت آغاز نمود و یافته های او در این سفر عاری از اطلاعات باستانشناسی است.

وی در ایران اقدام به نقشه برداری از دشت کویر، دریاچه های نمک، کویر لوت و صحراهای شرق ایران نموده و سپس وارد هندوستان و تبت شده و اقدام به نقشه برداری از فلات تبت نموده و همچنین رشته کوههای ترانس هیمالیا (Transhimalaya) رابرای اولین بار شناسایی و نقشه برداری نمود. وی در سال 1908 سفر خود را به پایان برد و ماحصل این سفر را در سه جلد سفرنامه و 9 جلد کتاب علمی به ثبت رسانید.

یک جلد از سفرنامه های وی که به سفر از صحراهای ایران اختصاص دارد به فارسی نیز ترجمه و با نام "کویرهای ایران" منتشر شده است. این کتاب با ترجمه روان و تصاویر و نقاشی های متعدد که بدست هنرمند هدین ترسیم شده است، پس از 100 سال همچنان بهترین مرجع برای شناخت نواحی کویری ایران است. سون هدین در سال 1952 در استکهلم در گذشت.