مرگ
در حدود سال 14 سلطنت (1336 ق.م.) به بعد دیگر در اسناد تاریخی نامی از نفرتی تی به میان نیامده است. اعتقاد بر این است که او در اثر شیوع یک بیماری مانند طاعون یا به دلایل طبیعی درگذشته باشد.

نظریه ای که سابق بر این وجود داشت و مبنی بر سقوط ملکه از اوج قدرت و رسوایی او بود، اکنون مردود اعلام شده است زیرا پاک شدن عامدانه تصاویر یک ملکه اخناتن در واقع مربوط به ملکه ای به نام کیا (Kiya) بوده است. در هر صورت، اطلاعات قابل تحقیق و بررسی از این دوره در طی تاریخ به کلی از میان رفته اند.

با در نظر گرفتن نظریات موجود، این احتمال وجود دارد که نفرتی تی مسئول جدایی از مذهب آتون بوده است. او پایتخت را مجددا به تیبس بازگرداند، تا موجب رضایت مردم و کاهنان اعظم معبد آمون شود. نفرتی تی آماده پذیرش مرگ خود بود. اکنون زمان به سلطنت رسیدن توتانخاتن (Tutankhaten) ناپسری وی بود که با دختر نفرتی تی، آنخسن پاتن (Ankhesenpaaten) ازدواج کرده بود.

این زوج سلطنتی بسیار جوان و بی تجربه بودند. نظریاتی مبنی بر زنده بودن نفرتی تی در این دوران وجود دارد که او را راهنمای این زوج میداند. در صورت صحت این نظریات، در سال سوم سلطنت توتانخاتن، نفرتیتی درگذشته و یا سلطه خود را بر امور سلطنت از دست داده است. در همین سال توتانخاتن نام خود را به توتانخامون تغییر میدهد تا بر پرستش آمون تاکید نماید.

تدفین
سالهاست که محل دفن نفرتی تی در هاله ای از شک و ابهام فرو رفته است اما برخی باستان شناسان دره پادشاهان را محل دفن او می دانند.

بانوی جوانتر
در روز 9 ژوئن سال 2003، باستان شناسی به نام جوآن فلچر (Joann Fletcher) متخصص موهای باستانی از دانشگاه یورک انگلستان، اعلام کرد که ممکن است مومیایی نفرتی تی یکی از مومیایی های ناشناسی که در مقبره KV35 واقع در دره شاهان یافته شده و به نام "بانوی جوانتر" شهرت یافته است، باشد.

البته در سال 1999 نیز یک محقق مصرشناس به نام ماریان لوبان (Marianne Luban) به چنین نتیجه ای دست یافته بود و نتیجه تحقیق خود را در مطلبی با عنوان "آیا مومیایی نفرتی تی در دست ماست؟" در اینترنت قرار داده است. دلایل ادعای این دو محقق شباهت فراوانی با یکدیگر دارد.

تیم تحقیقاتی بر روی مومیایی مذکور اعلام کرده اند که این مومیایی طوری آسیب دیده است که به نظر میرسد در همان دوران باستان مورد بی حرمتی قرار گرفته باشد. شیوه مومیایی این جسد که در آن از مایع مومیایی استفاده شده و همچنین مغز جسد دست نخورده باقی مانده، نشان دهنده نوع مومیایی سلطنتی سلسله هجدهم فراعنه است.

نکات دیگر موجود در این مومیایی یکی سن بدن و وجود گردنبندهایی ساخته شده از مهره هاییست که اصلا به نام نفر (nefer) شهرت یافته و مختص ملکه بوده اند و همچنین کلاه گیسی با مدلی بسیار نادر که توسط نفرتی تی به کار میرفته، هستند. بنا به نظر این گروه، بازوی مومیایی در اصل به شکل خمیده و در وضعیتی مختص با فرعون قرار داده شده بوده که بعدها از بدن جسد جدا شده و به جای آن بازوی دیگری در وضعیت عادی قرار داده شده است.

با این حال بسیاری از مصرشناسان ادعای فلچر را رد میکنند. بنا به گفته آنان نسبت دادن یک مومیایی باستانی به یک شخص خاص که هیچ اطلاعات DNA از او در دسترس نیست تقریبا غیر ممکن است و از آنجایی که والدین و فرزندان او هرگز شناسایی نشده اند، تشخیص جسد نفرتی تی نیز امکان ندارد. هرگونه سند اتفاقی مانند مدل مو و طرز قرار گرفتن بازو برای تشخیص یک مومیایی از یک شخصیت تاریخی به اندازه کافی مدارکی محکم به شمار نمی آیند.

به گفته آنان، دلیل آیب دیدگی مومیایی تنها موردی است که میتواند مورد بررسی قرار بگیرد و البته این آسیب که گفته میشود برای انتقام گیری ایجاد شده است، نیز خود محل شک و ابهام است. برخلاف نظر فلچر، بازوهای خمیده نیز حالتی تنها مختص به فرعون نبوده است و برای اعضای دیگر خانواده سلطنتی مورد استفاده قرار میگرفته است.

کلاه گیس یافته شده در نزدیک جسد نیز از منشائی ناشناس برخوردار است و لزوما به این بدن بخصوص مرتبط نیست. در نهایت، سلسله هجدهم، یکی از بزرگترین و مرفه ترین سلسله های پادشاهی مصر باستان بوده است که به مدت 200 سال برقرار بوده و این جسد مومیامی مونث میتواند به هر یک از صدها همسر سلطنتی یا دختران آنها تعلق داشته باشد.

2006
هنگامی که در سال 2006 قبری حاوی تابوت در ورودی مقبره توتانخامون کشف شد، خبرگذاریهای متعددی درباره امکان یافته شدن جسد نفرتی تی قلمفرسایی کردند. اما این تابوت خالی و تنها محتوی بالشتکهایی بود و بس.

جاودانگی
با وجود تمام مجادلات و مباحثات پیرامون جسد مومیایی شده نفرتی تی، جایگاه مستحکم این ملکه به عنوان یک نماد یا شمایل محبوب فرهنگی در جهان همچنان برقرار است. او شخصیتی محبوب و مشهور و پس از کلئوپاترا، مشهورترین ملکه مصر باستان بوده و تصاویر او در میان هواداران اروپایی موجب تغییر استانداردهای زیبایی در قرن بیستم شده است.